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組織經固定后會有大量水分，組織脫水是用某些溶劑逐漸將組織內的水分置換出來，以利于透明劑和石蠟的滲入，從而保證組織硬度，避免切片時產生組織變形。
流程
組織脫水主要包含脫水、透明、浸蠟等環節。
脫水
脫水的目的是將組織內的水分用某些化學試劑置換出來，使組織內外的脫水劑濃度達到平衡狀態。
脫水劑的特點是能夠同時以任何比例與水和透明劑混合。根據其效果和性質可分為單純脫水劑（如乙醇、丙酮等）和脫水兼透明劑（如正丁醇、異丁醇等），其中乙醇最為常用。
透明
透明的目的是用某些化學試劑將組織中的脫水劑置換出來，以利于浸蠟和包埋，組織塊浸入這些試劑后呈半透明狀。
透明劑的特點是既可與脫水劑相溶又能和包埋劑相溶。常見的透明劑有二甲苯、苯、氯仿、正丁醇等。其中最常用的是二甲苯，其特點是無色、透明、有毒、易揮發，透明作用極強。
浸蠟
浸蠟的目的是用石蠟等支持物去置換、替代組織中的透明劑，使組織具有一定的硬度，有利于切片
最常使用的浸透劑是石蠟（既是浸透劑又是包埋劑）
注意事項
技術人員必須經過培訓、考核合格后方能上崗進行各項操作
組織固定必須充分，不充分時，脫水劑乙醇會凝固蛋白質，引起組織收縮和硬化
組織處理所使用的試劑體積至少時組織體積的5倍
乙醇在脫水時應從低濃度向高濃度逐級進行脫水
脫水處理過程應緩慢進行，脫水不足會使透明劑滲透到組織內部困難，同時組織水分過多標本發軟，或無法透明
脫水試劑應根據處理的組織塊數，使用時間及頻次進行更換
更換試劑時，要注意換液方式及液體的濃度，如果位置調換錯誤或濃度有誤，會使組織表面硬化，導致組織內部的水分無法被置換出來
根據組織固定程度和組織塊大小設定時間，手術標本的處理時間一般大于活檢標本處理時間，最好能分開處理
如果使用加溫方式進行脫水，要縮短處理時間，一般溫度不宜超過45℃，試劑更換間隔也應縮短
減少組織處理過程中二甲苯帶進入石蠟中的量，如果脫水不徹底或脫水機濃度降低，組織內含有少量水份，會阻礙石蠟的滲透，導致組織變干、變脆、變硬
石蠟熔化應在溫箱或熔蠟箱內進行，熔解后使用上清石蠟，不能使用明火加熱
浸蠟時間應根據組織種類、大小確定。時間過長，易造成組織變硬、變脆，切片易碎；時間不足，會導致組織較軟，難以切成完好切片
更換試劑時，所有試劑應按醫療廢液處理，石蠟按谷提醫療廢物處理，不能隨意傾倒
應建立一系列易燃化學物品的使用管理制度，并定期培訓及演練，以確保安全使用。
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